こんにちは。
症状を見る限りパッと思いつくのは、minionでのアドオンの「インストール先が間違っている」ですね。

マイドキュメントのフォルダを開いてください。
通常そこに「Elder Scrolls Online」のフォルダがあって、その中にさらに「live」というフォルダがあります。
そこにはESO本体が管理する様々な設定ファイルやフォルダが存在しますが、そこに「AddOns」フォルダがあります。
その中を見てください。（あと、これ読んでる間はそこ開いたままのが良いです）
その中に「あなたがインストールしたアドオンの名前がついたフォルダ」がありますか？
有るなら…ESO本体のほうでしょうか？ちょっと原因思いつかないですね、ESO本体の再インストールしたほうが良いかも。
無いならminionに何か原因があります、この先読み続けてください。

【無い場合】
minionの設定が間違っていると思われるので、まずminion起動してください。
画面上部の右側に「Option」ってボタンあると思うので押してください。
その中に「Game Addon Folder Path」という項目が確認できると思います。
そこ、先ほどAgent.Perryさんが覗いたフォルダの場所が指定されていますか？
たぶん違うフォルダにインストールされるように指定されてると思うので、先ほど開いたフォルダを指定しなおしてあげてください。
例えばWin10なら通常

C:\Users\【あなたのパソコンのユーザー名】\Documents\Elder Scrolls Online\live\AddOns

といった感じになるはずです。
ひとまずこれをお試しください。

ご回答いただきありがとうございます。結論としては後者、Minionにおけるフォルダ設定の誤りでした。私は、このフォルダ設定については「任意の場所でよい」ものと誤解しておりました。

現在サーバメンテ中で確認しきれておりませんが、一旦live以下に手動インストールしていたファイルをすべて削除した上で、Minionで正しいフォルダを設定し、Installしたところ、live以下のフォルダにファイルが格納されたのを確認いたしました。

ありがとうございました。

良かった、改善できそうで何よりです！
あなたのESOライフが楽しいものになりますように！